凝胶渗透色谱柱适用于有机溶剂体系半微量的高性能的SEC分析柱。由粒径均一，但每个填料上分布大小不同的孔，即由细孔多分散型均一粒径的填料装填而成。从而实现了校正曲线的优异的线形相关关系。使用细孔多分散型分析柱获得的校正曲线没有变曲点。因而色谱图中的测定峰形不会出现不规则的凹凸现象可提供适用于分子量分布范围不同的三种规格分析柱。
凝胶渗透色谱柱的分离原理：
分离机理比较复杂，目前有体积排除理论、扩散理论和构象熵理论等几种解释，其中有影响力的是体积排除理论。
固定相是表面和内部有着各种各样、大小不同的孔洞和通道的微球，可由交联度很高的聚苯乙烯、聚丙烯酰胺、葡萄糖和琼脂糖的凝胶以及多孔硅胶、多孔玻璃等来制备。当被分析的聚合物试样随着溶剂引入柱子后，由于浓度的差别，所用溶质分子都力图向填料内部孔洞渗透。
较小的分子除了能进入较大的孔外，还能进入较小的孔；较大的分子就只能进入较大的孔；而比较大的孔还要大的分子就只能停留在填料颗粒之间的空隙中。随着溶剂洗提过程的进行，经过多次渗透-扩散平衡，较大的聚合物分子从载体的粒间首先流出，依次流出的是尺寸较小的分子，较小的分子被洗提出来，从而达到依高分子体积进行分离的目的，得出高分子尺寸大小随保留时间变化的曲线，即分子量分布的色谱图。
高分子在溶液中的体积决定于相对分子量、高分子链的柔顺性、支化、溶剂和温度，当高分子链的结构、溶剂和温度确定后，高分子的体积主要依赖于相对分子量。基于上述理论，每根凝胶渗透色谱柱都是有极限的，即：排阻极限和渗透极限。
排阻极限是指不能进入凝胶颗粒孔穴内部的较小分子的分子量，所有大于排阻极限的分子都不能进入凝胶颗粒内部，直接从凝胶颗粒外流出，不但达不到分离的目的还有堵塞凝胶孔的可能；渗透极限是指能够*进入凝胶颗粒孔穴内部的较大分子的分子量，如果两种分子都能全部进入凝胶颗粒孔穴内部，即使它们的大小有差别，也不会有好的分离效果。所以，在使用GPC/SEC测定相对分子量时，必须首先选择好与聚合物相对分子量范围相配的色谱柱。对一般色谱分辨率和分离效率的评定指标，在凝胶渗透色谱中也被沿用。
