凝胶制备液相色谱仪是以分离出纯物质为目的的色谱系统，分析色谱是以分析出样品组分信息为目的的色谱系统，基于他们目的的不同，制备色谱相对于分析色谱有很多不同特征，不能简单等同。
凝胶制备液相色谱仪具有优良的波长准确性和重现性才能使色谱分析结果稳定可靠。传统的设计采用双光路凹面全息光栅单色仪、机械装置调节波长的紫外可见检测器的光学系统比较复杂，在进行波长选择和调节的过程中易导致波长准确性和重复性变化，增加不确定性。与传统的紫外检测器不同，二极管阵列检测器的光学系统是由光源发出的光聚焦后首先通过检测池，然后由分光光栅进行分光，由光检测元件进行检测。
防止气体进入凝胶制备液相色谱仪
该色谱仪是不允许气泡进入的，否则将会使柱效降低甚至形成微小的难以驱除的气室。因此，为了防止气泡进入色谱柱，一定要使用经过脱气的流动相，并且要严格按照下列步骤来安装色谱柱。
a.拆卸下色谱柱入口处的密封螺丝，观察是否有溶剂渗出；
b.如有溶剂渗出，即可将色谱柱接到管路上，以避免气泡的进入；
c.如无溶剂渗出时，表明色谱柱的此端已经进去空气了，此时，可将色谱柱的出口端接到进样阀上，以流动相来反方向冲洗色谱柱，以便将柱内的空气排除。以小流量来冲色谱柱，如果溶剂的流速太快或者是压力突然的上升都将会导致柱性能的降低；
d.如果流出的溶剂里不含有气泡，说明柱内的气体已经被排出了，再将色谱柱以正确的方向接好，这样气泡就进不到色谱柱里面了。
